Jean-Baptiste Jupille est né à Port-Lesney (Jura, France) le 30 novembre 1869. Il était devenu berger.

En octobre 1885, Jean-Baptiste Jupille a été mordu par un chien enragé alors qu’il essayait de maîtriser la bête furieuse s’attaquant à des enfants à Villers-Farlay dans le Jura. Le maire du village demande alors à Louis Pasteur (1822 – 1895), professeur à l'École normale supérieure de Paris, de tenter le traitement pour Jupille. 

Émile Mâle, historien de l’art religieux (1852 – 1904), raconte ainsi les évènements : « L’année [1885] s’avançait lorsqu’un grand événement bouleversa l'École. Pasteur savait qu’il avait découvert le vaccin de la rage, mais il n’en avait pas encore fait l’application à un homme. On lui amena un matin dans son laboratoire de l'École un jeune berger nommé Jupille, qui venait d’être mordu par un chien enragé. La médecine ne pouvait que le laisser mourir. Pasteur, profondément ému, sentait que s’il réussissait, il apportait aux hommes un présent sans prix, le vaccin. Pendant les jours d’incubation, l'École entière fut dans l’anxiété ; mais quand nous apprîmes le succès, ce fut une joie débordante. Nous sentions que nous venions d’assister à un des événements de l’histoire du monde et nous étions fi ers de notre grand ancien, dont tous les peuples allaient bientôt répéter le nom ».

Jean-Baptiste Jupille est le deuxième vacciné après l’alsacien Joseph Meister (le 8 juillet 1885). Ses injections ont été effectuées au laboratoire de Pasteur à l'École normale supérieure, rue d'Ulm à Paris, la première le 20 et la dernière le 30 octobre 1885. 

Il devient ensuite employé à l'Institut Pasteur, créé par le savant à Paris-Vaugirard (XVème arrondissement) comme laborantin puis concierge et enfin gardien-chef. Il y retrouve l’autre célèbre vacciné Joseph Meister.

Retraité, il s’est installé à Joinville-le-Pont (alors dans le département de la Seine) où il décède le 29 septembre 1923. Il y est enterré avec son épouse Marie (1894 – 1947) dont il a eu 3 enfants. Leur monument funéraire est toujours visible. 

Le petit berger Jupille est représenté sur un billet de cinq francs émis le 5 mai 1966 par la Banque de France et en circulation jusque 1972. Jean-Baptiste Jupille apparaît à l’avers du billet, dans la reproduction du bronze sculpté par Émile-Louis Truffot (1843 - 1895) pour commémorer sa lutte avec le chien enragé. La sculpture figure sous la voûte de la crypte mortuaire de Pasteur. 

Plusieurs scientifiques et historiens contestent la réalité des faits et l’attitude de Louis Pasteur lors des deux premières guérisons. Certains affirment que le chien qui avait mordu Jean-Baptiste Jupille n’était pas atteint de la rage.